Vaste sujet qui mérite certainement qu'on y regarde dans les détails... pour certains le bio n'est pas propre, pour d'autres les standards officiels ont peu de valeur et ne sont pas assez exigeants... peut-être peut-on considérer que bio c'est mieux même si ce n'est pas parfait.
En ce qui concernat l'élevage bio, ce qui est sûr c'est que c'est largement mieux pour les animaux dans la plupart des cas...  Alors, au moins, si on les tue et qu'ils nous nourrissent, respectons les! 
Voici un court article suivi de liens pour plus de lecture...



Un aliment biologique est un aliment produit dans des conditions «naturelles», c’est-à-dire sans pesticides, herbicides chimiques, fertilisants artificiels ou hormones de croissance, et dans le respect du rythme de vie des animaux. Ce n’est pas l’aliment en tant que tel qui est «bio», mais son mode de production.

Agriculture biologique L’agriculture biologique est une façon de cultiver la terre pour en améliorer la fertilité à long terme. Les méthodes de production respectent les cycles naturels et les écosystèmes du sol et de son environnement. Les 3 règles de l’agriculture biologique : Pas de pesticides ni d’herbicides chimiques. Pas de fertilisants de synthèse ni de boues d’épuration. Pas de semences issues d’OGM. Les résidus à la surface des fruits et des légumes biologiques sont donc quasi inexistants… Mais ne boudez pas trop vite les aliments traditionnels: soumis à des normes gouvernementales très strictes, leur teneur en pesticide est tellement minime qu’elle ne présente aucun danger pour la santé. Élevage biologique Pour produire de la viande ou de la volaille biologiques, les éleveurs doivent offrir aux animaux des conditions de vie adaptées à leurs comportements naturels: espace pour bouger, lumière solaire et air frais. Le bétail doit également être nourri d’aliments cultivés selon les normes biologiques. Les 3 règles de l’élevage biologique : Pas d’antibiotiques ni d’hormones de croissance. Pas de farines animales dans la diète alimentaire. Pas de surpopulation animale dans des bâtiments fermés. Produits alimentaires transformés Pour mériter l’appellation «biologique», les aliments ayant subi une transformation (comme le sirop d’érable, le pain et le fromage) doivent être issus d’une agriculture ou d’un élevage biologiques. Leur texture, leur couleur et leur goût doivent refléter uniquement les caractéristiques «naturelles» des ingrédients utilisés. Les 3 règles de la transformation biologique : Pas de colorants chimiques, d’arômes artificiels ni d’additifs de synthèse. Pas de préservatifs. Pas d’irradiation pour la conservation.

Source: Extinso

Autres pistes de lecture:
- un article sympa: L'agriculture biologique c'est quoi ?
- un livre: Manger bio, c'est pas cher par France Guillain
- La réglementation en agriculture biologique - Bio Mode d'emploi avec lien au JO de l'UE